尖锐湿疣的复发率很高，高达40%左右，那么造成尖锐湿疣复发的原因是什么？我们说尖锐湿疣复发的原因是：
　　1) 对于病人来说，感染HPV可能存在3种不同的状态，即对肉眼可见向外生长的疣组织，肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到的有病变的亚临床感染，尚未出现病变、但组织表面携带有病毒，只能用分子杂交技术如PCR才能检测出病毒，临床医生只注重治疗长出的疣体，忽视了亚临床感染期的治疗，以及潜伏期的治疗。
　　2) 尖锐湿疣的病变过程发生在上皮组织内，病毒也只局限于上皮组织层内，人体皮肤粘膜的免疫细胞存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔；真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病毒颗粒接触而建立有效的免疫应答反应，因而使得不少尖锐湿疣久治不愈。
　　3) 再感染，夫妻一方治愈了，而另一方却是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又可被传染，形成乒乓球式的传染，导致反反复复。
　　4) 鉴于目前尖锐湿疣治疗方案上的混乱，以及一些不可靠的治疗方法，药物的效果不完美，大部分无经验、以及非专业医生混岗导致治疗上的不彻底，产生复发。
　　5) 个别病人，生活不检点，性关系长期混乱，导致反复感染。
　　6) 忽视了CA患者存在混合感染的现象，治疗上只重视对尖锐湿疣作处理而未治疗其它的感染。临床上常见的尖锐湿疣与淋病混合感染，女性患者常合并有滴虫、霉菌性阴道炎，亦有梅毒合并尖锐湿疣者。因此在治疗尖锐湿疣时，应考虑先治、后治或同时治疗的问题，比如说男性急性淋病与尖锐湿疣混合感染，首先应该选择特效药物治疗急性淋菌性尿道炎，待尿道炎症状完全消失后，再治尖锐湿疣。不论男女潜伏期梅毒者可同时或先治疗梅毒。然而1、2期梅毒患者，需先治疗梅毒，梅毒皮疹消退后，才能治疗尖锐湿疣。这样既可以避免尖锐湿疣治疗后再复发，还可以阻止由于炎性刺激外生殖器，肛周再遭HPV病毒感染，随着炎症的消失，从而改善了外阴和肛周的潮湿环境，使尖锐湿疣病毒失去了生长、繁殖的有利条件。
　　7) 保持外阴、肛周清洁、干燥，减少阴部及肛周的潮湿环境，可降低CA的复发率，还能阻止感染尖锐湿疣病毒，在此提醒广大患者，女性白带增多是尖锐湿疣的症状之一，而且也是尖锐湿疣发展扩散增殖的因素，必经查找原因，并做针对性治疗，否则，会造成感染扩散，疣体增多，肥胖患者肛周潮湿，要经常保持清爽。滑石粉、爽身粉外用，保持局部干燥。